Όπως κάθε προϊόν λογισμικού, το Kali πρέπει να είναι ενημερωμένο με τις τελευταίες ενημερώσεις και ενημερώσεις κώδικα. Η διανομή Kali περιέχει πολλές εκατοντάδες εργαλεία δοκιμών ασφαλείας, τα οποία με την σειρά τους πρέπει να ενημερώνονται και ενδεχομένως εργαλεία που δεν χρησιμοποιούνται πια να πρέπει να απομακρυνθούν από το σύστημα.
Έτσι, πριν ξεκινήσουν οι δοκιμές, θα εκτελεσθούν οι εντολές μέσω τερματικού για την ενημέρωση του συστήματος και των εργαλείων. Οι εντολές για τη διαδικασία ενημέρωσης είναι:
sudo apt-get update


Για μια πλήρη αναβάθμιση του λειτουργικού συστήματος χρησιμοποιείται η παρακάτω εντολή:
sudo apt-get upgrade
Μετά το τέλος της διεργασίας θα υπάρχει ένα πλήρως ενημερωμένο και αναβαθμισμένο σύστημα.